Возможности применения ЭП и шифрования данных обеспечиваются благодаря интегрированным в систему «ДЕЛО» сертифицированным средствам криптографической защиты информации – КриптоПро CSP, СигналКом CSP, Верба OW, Домен-К, Авест, Генкей, решения Microsoft.