КМИС может применяться для автоматизации поликлиник и стационаров, но может успешно использоваться и в других видах медицинских организаций. Цель системы – повышение качества и доступности медицинской помощи за счет автоматизации работы медицинских сотрудников по всем направлениям деятельности медицинских организаций.