ОС Атлант основана на базе дистрибутива Дебиан. Производитель Атланта (Группа компаний апплайт) не делит ОС на серверную часть и пользовательскую, версия делится по составу сервисов и ПО.  В составе для рабочей станции Атланта есть множество необходимых приложений, такие как офисные пакеты (Libre- и Onlyoffice), браузеры (Яндекс, Chrome), средства удаленной работы (RDP, VNC), кодеки, почтовые клиенты (Thunderbird, Evolution), Wine, фото редакторы, мессенджеры, средства работы с pdf, КриптоПро, 1С. Многие из этих приложений могут работать в режиме SSO- прозрачной авторизации. Но при всех остальных равных преимуществах по сравнению с существующими конкурентами, Атлант обладает серьезной отличительной особенностью, а точнее – встроенной системой управления на базе каскадно-монтируемой файловой системы. Проще говоря рабочее приложение в такой системе представляется как слой, другими словами это отдельная самостоятельная файловая система подобно LIVE CD, внутри которой запаковано одно приложение или служба. Эти слои (приложения) накладываются друг на друга как "пирог"в режиме read only. А финальным накладывается слой для пользовательских данных в режиме read-write. Система управления позволяет собирать такие слои, а из них – "пироги" (роли станций) и одним нажатием кнопки отправлять эту сборку на тысячи станций за считанные часы. После – достаточно перегрузить эту станцию и новый софт уже начинает работать без каких-либо дополнительных установок\настроек. Как и распространение, система управления позволяет снять слои с тех же тысячи станций одним нажатием на кнопку, что позволяет обойтись без падений других приложений. Удобно для обновлений версий ПО, доустановки нового функционала на тысячи однотипных станций (например кассы в магазинах крупных сетей).
Кроме управлением ПО система позволяет мониторить все станции, назначать им задачи и ставить их в календарь, вводить и выводить их из домена, распространять централизованно корневые сертификаты и т.д.